Единый госэкзамен будет проводиться по 13 общеобразовательным предметам: русский язык, математика, физика, химия, биология, география, история России, обществознание, литература, английский, немецкий и французский языки, а также информатика. В контрольно-измерительных материалах текущего года будет существенно увеличено внимание к оценке предметной компетентности, то есть способности средствами общеобразовательного предмета решать проблемы, близкие к реальным. В тестах будет уменьшено число заданий на выявление фактологических знаний выпускников, и увеличено число заданий, ориентированных на оценку уровня творческого мышления.

С учетом результатов ЕГЭ в 2006 году было зачислено около 500 тысяч абитуриентов в 1650 вузов и филиалов. 100 баллов по разным предметам получили 496 выпускника и абитуриента. Кроме того, в соответствии с Положением о проведении единого государственного экзамена, 153 победителям всероссийских и международных олимпиад в свидетельства о результатах ЕГЭ было выставлено по 100 баллов по соответствующим предметам.